Gibt es einen Weg mit Biopython, um die vollständige Zusammenfassung von einem Pubmed-Artikel zu erhalten?

Question

Im Moment habe ich den folgenden Code, die pubmed fragt:

from Bio import Entrez 
Entrez.email = "kuharrw@hiram.edu"  # Always tell NCBI who you are 
handle = Entrez.esearch(db="pubmed", term="bacteria") 
record = Entrez.read(handle) 
list = record["IdList"] 
print len(list) 
for index in range(0, len(list)): 
    listId = list[index] 
    handle = Entrez.esummary(db="pubmed", id=listId) 
    record = Entrez.read(handle) 
    print index 
    print record[0]["Title"] 
    print record[0]["HasAbstract"] 

Dieser Code ist in der Lage, mir zu sagen, wenn der Artikel eine Zusammenfassung hat, aber ich kann keine Dokumentation finden, wie man tatsächlich die abstrakte zurückzukehren. Ist es möglich, biopython zu verwenden? Wenn nicht, ist es anders?

Answer 1

Ja, mit BioPython ist es natürlich möglich. Wenn Sie genau diesem Abschnitt folgen, sollten Sie in der Lage sein, die Zusammenfassung von pubmed zu erhalten: http://www.biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html#sec142

Wenn Sie diesen Link nicht hilfreich finden, lassen Sie es mich bitte wissen. Ich melde mich bald wieder.