Ich verwende Python 2.7 und versuche biopython oder pyensembl zu verwenden, um eine Liste von Genen aus einer Liste von RefSeq Zugangsnummern zu erhalten . Gibt es eine einfache Möglichkeit, dies zu tun?Wie kann ich eine Liste von Genen aus einer Liste von RefSeq Zugangsnummern (Nm_ <num> und NR_ <num>)
Ja, es gibt einen einfachen Weg. Aber Sie sollten immer etwas Mühe zeigen, etwas Code, den Sie ausprobiert haben, bevor Sie fragen. Dies ist der Code, den Sie benötigen:
from Bio import Entrez
Entrez.email = "[email protected]"
handle = Entrez.efetch(db="nucleotide", id="NM_123456", retmode="xml")
record = Entrez.read(handle)
for feature in r[0]["GBSeq_feature-table"]:
for qualifier in feature["GBFeature_quals"]:
if "gene" in qualifier["GBQualifier_name"]:
print(qualifier["GBQualifier_value"])
# MHK7.14; MHK7_14
Sie sollen einige Proben in der efetch Linie, und dann die Daten, die Sie aus dem Handler entnehmende finden zu bekommen.