Ive versucht, sie mit folgendem Ausdruck zu lösen:Biopython: Wie bekomme ich den zusammengesetzten Namen der PDB-Datei eines Proteins?
structure.header [ ‚Verbindung‘]
Aber alles, was ich bekommen ist das Molekül id anstelle seinen Namen!
Um den Namen der Kristallstruktur zu erhalten, das heißt der Name, der in der PDB-Website angezeigt wird, können Sie verwenden:
print(structure.header['name'])
z.B. (Vorausgesetzt, Sie 1iah.pdb in Ihrem aktuellen Arbeitsverzeichnis haben)
from Bio.PDB import *
parser = PDBParser()
structure = parser.get_structure('1IAH', '1iah.pdb')
print(structure.header['name'])
geben Ihnen
'Kristallstruktur der atypischen Proteinkinase-Domäne eines trp ca-Kanal, chak (adp-mg-Komplex)‘
, die hier mit dem Namen identisch ist gezeigt: http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=1IAH
-Update in Reaktion auf die Kommentare
Um den Namen der Verbindung zu erhalten kann man verwenden:
print(structure.header['compound']['1']['molecule'])
Ich möchte nicht den Namen des Proteins, sondern der Verbindung. im vorherigen Fall wäre es: – hobo
COMPND MOL_ID: 1; COMPND 2-MOLEKÜLE: TRANSIENTES REZEPTORPOTENTIALBEZOGENES PROTEIN; COMPND 3 KETTE: A, B; COMPND 4 FRAGMENT: PROTEIN KINASE DOMAIN, RESIDUES 1549-1828; COMPND 5 SYNONYM: TRP-RELATED; COMPND 6 EC: 2.7.1.37; COMPND 7 ENGINEERED: JA – hobo
Meinst du "TRANSIENTEN REZEPTOR POTENTIAL-RELATED PROTEIN"? –
Wahrscheinlich ist hier eine Antwort: http://biopython.org/wiki/The_Biopython_Structural_Bioinformatics_FAQ
keywords = structure.header['keywords']
Die verfügbaren Tasten sind Name, Kopf, deposition_date, RELEASE_DATE, structure_method, Auflösung, structure_reference (Karten auf eine Liste von Referenzen) , journal_reference, author und compound (bildet ein Wörterbuch mit verschiedenen Informationen über die kristallisierte Verbindung).
Haben Sie den Namen der Proteinstruktur oder den Namen der Verbindung bedeuten/Ligand? –
Ich meine den Namen der Verbindung – hobo