Ich muss wissen, auf welche Themen eine Abfrage und wo, und diese Übereinstimmung muss 100% sein. Gibt es eine Möglichkeit, dies mit Blastall zu tun?Können Sie blastn verwenden, um nach genauen Übereinstimmungen zu suchen?
Danke.
Ich muss wissen, auf welche Themen eine Abfrage und wo, und diese Übereinstimmung muss 100% sein. Gibt es eine Möglichkeit, dies mit Blastall zu tun?Können Sie blastn verwenden, um nach genauen Übereinstimmungen zu suchen?
Danke.
Sie können die Mapping-Genauigkeit nicht auf 100% beschränken, aber Sie können die Stringenz für den E-Wert mit dem Argument -evalue
erhöhen, d. H. Verwenden Sie einen sehr, sehr kleinen E-Wert. Zusätzlich dazu, zurückzukehren, um die Subjekt-ID oder Zugangsnummer sowie zurück, als die Mapping-Koordinaten Sie eine benutzerdefinierte Ausgabeformat wie diese verwenden:
-outfmt "6 qacc sacc sseqid evalue qstart qend sstart send"
Ausgabe im Tabellenformat mit 8 Spalten Dies wird zurückkehren, wo: qacc
ist die Abfrage Beitritt sacc
ist Gegenstand Beitritt ist sseqid
Gegenstand Seq.-ID wird evalue
der E-Wert für die Ausrichtung, qstart
und qend
sind die Abfrage-Start- und End-Mapping-Koordinaten für die Ausrichtung und sstart
und send
Gegenstand Start und beenden Mapping-Koordinaten für die Ausrichtung. Dass sie alle zusammen für ein Beispiel blastn
Aufruf:
blastn -query /path/to/myquery.fasta -db /path/to/db -evalue 0.001 -out /path/to/myoutput.tsv -outfmt "6 qacc sacc sseqid evalue qstart qend sstart send"
blastn -help
finden Sie weitere Optionen auf dem benutzerdefinierten Ausgabeformat geben.
Ich würde empfehlen, Fragen zu BioStar zu stellen, d. H. Fragen zur Verwendung von Bioinformatik-Programmen http://biostar.stackexchange.com/ – flies