2012-04-04 16 views

Antwort

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Sie können die Mapping-Genauigkeit nicht auf 100% beschränken, aber Sie können die Stringenz für den E-Wert mit dem Argument -evalue erhöhen, d. H. Verwenden Sie einen sehr, sehr kleinen E-Wert. Zusätzlich dazu, zurückzukehren, um die Subjekt-ID oder Zugangsnummer sowie zurück, als die Mapping-Koordinaten Sie eine benutzerdefinierte Ausgabeformat wie diese verwenden:

-outfmt "6 qacc sacc sseqid evalue qstart qend sstart send" 

Ausgabe im Tabellenformat mit 8 Spalten Dies wird zurückkehren, wo: qacc ist die Abfrage Beitritt sacc ist Gegenstand Beitritt ist sseqid Gegenstand Seq.-ID wird evalue der E-Wert für die Ausrichtung, qstart und qend sind die Abfrage-Start- und End-Mapping-Koordinaten für die Ausrichtung und sstart und send Gegenstand Start und beenden Mapping-Koordinaten für die Ausrichtung. Dass sie alle zusammen für ein Beispiel blastn Aufruf:

blastn -query /path/to/myquery.fasta -db /path/to/db -evalue 0.001 -out /path/to/myoutput.tsv -outfmt "6 qacc sacc sseqid evalue qstart qend sstart send" 

blastn -help finden Sie weitere Optionen auf dem benutzerdefinierten Ausgabeformat geben.