bioinformatics

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Wie taxonomic spezifische IDs für Königreich, Phylum, Klasse, Ordnung, Familie, Gattung und Arten von Taxid bekommen?

Ich habe eine Liste von taxids der wie folgt aussieht: 1204725 2162 1300163 420247 Ich suche eine Datei mit taxonomischen ids, um von dem taxids oben zu bekommen: kingdom_id phylum_id class_id

bioinformatics taxonomy phylogeny ncbi etetoolkit 2016-04-08

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limma Herstellung kontrastiert in geeignete Weise in Einkanal-Mikroarray

ich ein Microarray-Daten-Set mit und ich habe die Daten markiert, dass es so etwas wie folgt aussieht: [9967] piRNA piRNA piRNA piRNA piRNA tiRNA [9973] piRNA piRNA piRNA piRNA pi

r matrix bioinformatics 2016-04-09

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Wie berechnet man Korrelationen zwischen zwei Matrizen über Stichproben hinweg?

Ich habe Methylierungszählungsdaten in den folgenden zwei Matrizen. cov <- matrix(sample(0:7, 100,replace=TRUE), nrow=10, ncol=10) colnames(cov) <- c("group1_1", "group1_2", "group1_3", "group1_4", "

r matrix statistics bioinformatics 2016-04-13

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Bayes-Netzwerk-Inferenz mit Java-Objekten (Banjo-Problembehandlung)

Hoffentlich ist dies relevant. Ich verwende derzeit Banjo, um ein Netzwerk zu erstellen, aber ich bekomme weiterhin diesen Programmierfehler: (Nachbearbeitung) Die Nachbearbeitung kann nicht fortgeset

java bioinformatics bayesian-networks 2016-04-14

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Parsing Xml-Datei in Python, die Multifasta enthält BLAST Ergebnis

Ich versuche, XML-Datei zu analysieren, die multifasta BLAST Ergebnis enthält - hier ist die link - es ist etwa 400kB groß. Das Programm sollte vier Sequenznamen zurückgeben. Jedes nächstes Ergebnis s

python xml bioinformatics biopython blast 2016-04-15

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Subset-Spalten eines Datenrahmens nach den Zeilen eines anderen Datenrahmens

Ich möchte einige seiner Spalten nach den Zeilen eines anderen Datenrahmens unterteilen. So sind die beiden Datenrahmen werden wie unten dargestellt: df1 <- structure(list(ID = structure(c(3L, 1L, 2L,

r subset bioinformatics 2016-04-15

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Wie Sie den Inhalt einer Liste von Objekten als Bedingung für eine Schleife verwenden, um einen Datenrahmen in Python zu ändern

Hier ist meine Frage. Ich habe eine "Liste" von Objekten und einen Datenrahmen als Köpfe unten: 0 0 hsa-let-7f-2-3p 1 hsa-let-7f-2-5p 2 hsa-miR-105-3p 3 hsa-miR-105-5p 6 hsa-miR-106a-3p Und

python bioinformatics genetics 2016-04-18

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R und Gviz: Wie man einen Bereich eines Diagramms entfernt (/ zuschneidet)?

Dieser Code: alTrack <- Gviz::AlignmentsTrack( system.file(package = "Gviz", "extdata", "gapped.bam"), isPaired = TRUE) Gviz::plotTracks( alTrack, from = 3048500, to = 3049000

r bioinformatics r-grid 2016-04-19

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Wie verwende ich Linux-Befehl zum Extrahieren von Sequenzdaten

Ich möchte bestimmte Zeilen und die folgenden Sequenzdaten extrahieren. Es gibt eine ecoli.ffn Datei wie folgt: $head ecoli.ffn >ecoli16:g027092:GCF_000460315:gi|545267691|ref|NZ_KE701669.1|:551259-5

linux bioinformatics 2016-04-20

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Bedingt Prozess (bgzip, Tabix) Dateien mit Schleife und wenn sonst Anweisung

Ich habe einige .vcf Dateien. Ich habe diese Dateien aus meinem Verzeichnis ausgewählt und möchte sie in zwei andere Formate konvertieren. Ich bin ein wenig verwirrt mit if und else if hier. Ich möcht

r if-statement bioinformatics 2016-04-21

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