limma Herstellung kontrastiert in geeignete Weise in Einkanal-Mikroarray

Question

ich ein Microarray-Daten-Set mit und ich habe die Daten markiert, dass es so etwas wie folgt aussieht:

[9967] piRNA   piRNA   piRNA   piRNA   piRNA   tiRNA   
[9973] piRNA   piRNA   piRNA   piRNA   piRNA   tiRNA   
[9979] snoRNA   snoRNA   snoRNA   snoRNA   snoRNA   snoRNA   
[9985] tiRNA   tiRNA   tiRNA   tiRNA   tiRNA   tiRNA   
[9991] tiRNA   tiRNA   tiRNA   tiRNA   tiRNA   tiRNA   
[9997] tiRNA   tiRNA   tiRNA   tiRNA  

Also im Grunde habe ich eine Reihe von verschiedenen Sonden -Typen in einem einkanaligen Mikro-Array und ich möchte einen Kontrast machen, um zu sehen, welche DE sind.

Ich habe versucht, dies zu tun, wie folgt:

tritt

design<-factor(levels(probe.type1)) 
design<-model.matrix(~0+design) 
dim(design) 
dim(E.ncRNA1) 
subE.ncRNA1<-E.ncRNA1[ ,1:12] 
fit<-lmFit(subE.ncRNA1, design) 
contrast.matrix <- makeContrasts(levels=design) 
trying <- contrasts.fit(fit, contrast.matrix) 
try <- eBayes(trying) 
try<-eBayes(trying) 
volcanoplot(trying) 

Das Problem, dass ich die Kontraste zu machen versuchen:

contrast.matrix <- makeContrasts(pivsmi=piRNA-miRNA, levels=design) 

Fehler bei makeContrasts (pivsmi = piRNA - miRNA, levels = design): Die Ebenen müssen syntaktisch gültige Namen in R haben, siehe help (make.names). Nicht gültige Namen: designputative miRNA, designsub scRNA, designvault RNA

Kann mir jemand sagen, was ich falsch mache?

Answer 1

In R, a syntactically valid name besteht aus Buchstaben, Zahlen und den Punkt oder Unterstreichungszeichen und beginnt mit einem Buchstaben oder dem Punkt, gefolgt von einer Zahl.

Ihre Ebenen (designputative miRNA, designsub scRNA, designvault RNA) enthalten Leerzeichen, sind also nicht syntaktisch gültig.

Um Ihre Ebene syntaktisch gültig, entweder

• ersetzt die Räume in Ihrem Ebene mit zum Beispiel zu machen Unterstriche, oder
• Anruf make.names auf Ihren Ebenen, die die Leerzeichen automatisch durch einen Punkt ersetzt:
  makeContrasts(pivsmi = piRNA - miRNA, levels = make.names(design, unique=TRUE)). Die unique=TRUE behauptet, dass die resultierenden Elemente eindeutig sind, dies ist für Spaltennamen erwünscht.