bioinformatics

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paarweiser Vergleich mehrerer Spalten mit unterschiedlichen Längen

Ich habe eine Tabelle in R mit 13 Spalten und 6k ungerade Zeilen insgesamt, jede Spalte hat unterschiedliche Längen. Ich möchte eine neue Tabelle erzeugen, in der ich col1 mit col2 und so weiter und g

r dataframe multiple-columns bioinformatics 2016-06-12

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Gemeinsame Strings durch Vergleich zweier Datenframes filtern

Ich habe zwei Datensätze df1 und df2. Wie kann ich die in df2 gefundenen Genamen aus df1 entfernen? df1 < - chr start end CNA Genes No.of.Gene 1 13991 1401 gain Cfh,Gm26048,Bhis,Sclm 2

r dataframe data.table bioinformatics 2016-06-14

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Gibt es eine schnellere Möglichkeit, übereinstimmende Features in zwei Arrays (Python) zu finden?

Ich versuche, jedes Feature in einer Datei (1 pro Zeile) zu durchlaufen und alle übereinstimmenden Features basierend auf einer Spalte dieser Zeile in einer zweiten Datei zu finden. Ich habe diese Lös

python optimization comparison bioinformatics 2016-06-20

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Python MYSql.connector wird keine Daten einfügen

Ich versuche, einige Daten in eine Datenbank einfügen, die ich mache und es wird nicht eingefügt. Ich habe buchstäblich die gleiche Einfügemethode für anderen Code verwendet, und es scheint immer noch

python mysql mysql-python bioinformatics 2016-06-21

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Datensätze in Biodomain wie Wordähnlichkeitsdatensätze in Word2vec und Handschuh

Ich trainiere word2vec zu biomedizinischen Texten. Um Wortähnlichkeits- und Wortanalogie-Tests durchzuführen, möchte ich Paare biomedizinischer Ausdrücke haben, die die gleiche Beziehung haben (könnte

nlp bioinformatics text-mining biopython 2016-06-21

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k-mer Zählen in R mit perfektem Hashing

Ich arbeitete in der DNA K-Mers-Zählung und ich bereite diese Formulierung vor, um das Zählen mit perfekter Hash-Tabelle zu lösen: link. I RCPP API (C++) verwendet, um den Code in R zu integrieren: #i

c++ r math bioinformatics rcpp 2016-06-26

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Python Paket für dynamischen Monte Carlo/Gillespie Algorithmus

Ich arbeite an einem Modell, das ein Protein beschreibt. Molekül kann in wenigen Zuständen gefunden werden, Übergänge von einem Zustand zu einem anderen werden durch Matrix beschrieben, die Übergangsr

python statistics bioinformatics modeling montecarlo 2016-06-29

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Verwenden von mRMRe für die Featureauswahl mit kategorischer Zielvariable

Ich versuche, das mRMRe-Paket in R zu verwenden, um eine Feature-Auswahl für ein Genexpressions-Dataset durchzuführen. Meine Zielvariable ist eine kategoriale Variable, d. H. Jedes Sample ist einer Kl

r machine-learning bioinformatics feature-selection categorical-data 2016-06-30

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Kopieren Sie den Dateinamen und bestimmte Textstring dann in einen bestimmten Teil aller Dateien in Unterverzeichnissen

Ich habe viele Dateien in Unterverzeichnissen z. UCE-1 ... UCE-2000, die alle die gleichen zwei Dateitypen enthalten (eine .cfg Datei und eine .phylip Datei). UCEs UCE-13 partition_finder.cfg UC

python regex unix bioinformatics 2016-06-30

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Wie SAMtool htslib Bibliothek verwenden optionale Informationen zu lesen Felder

ich eine BAM-Datei: ERR174327.487900 99 chr9 80320323 60 101M = 80320752 530 AGGGACATTGGTCCAAAAGGTTTTAATTAACCATACACCCTGCTCTACAAATCTAAAAAACTGTAGGACAGTATTTTGAGTCTCCAAGTATCCAGTGATAA CCCFFFFFHHHHFI

bioinformatics samtools 2016-06-30

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