samtools

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Wie SAMtool htslib Bibliothek verwenden optionale Informationen zu lesen Felder

ich eine BAM-Datei: ERR174327.487900 99 chr9 80320323 60 101M = 80320752 530 AGGGACATTGGTCCAAAAGGTTTTAATTAACCATACACCCTGCTCTACAAATCTAAAAAACTGTAGGACAGTATTTTGAGTCTCCAAGTATCCAGTGATAA CCCFFFFFHHHHFI

bioinformatics samtools 2016-06-30

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Wie kann ich Lesevorgänge zwischenspeichern?

Ich benutze Python/Pysam, um Sequenzierungsdaten zu analysieren. In seinem Tutorial (pysam - An interface for reading and writing SAM files) für den Befehl Mate heißt es: 'Diese Methode ist zu langsam

python caching bioinformatics samtools pysam 2015-12-16

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Mpileup regex Befehl zum Entfernen von dedels

Ich versuche, Einfügungen und Löschungen aus einer mpileup TXT-Datei herauszufiltern. Ein Beispiel für eine Einfügung oder Löschung wäre + 3ATG oder -9AATCGTCTC. In einem anderen Beitrag habe ich eine

regex perl samtools 2016-05-13

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Umgang mit Pfaden in Unix-Schleifen

Relative Unix-Neuling. Ich habe eine Reihe von Verzeichnissen (Sample*/), innerhalb derer ich alle raw.sort.bam-Dateien unter Verwendung von Sammeldateien zusammenführen möchte. Ich habe funktionieren

loops unix path samtools 2016-03-30

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Wie die stdout von zwei Teilprozesse und Rohr zu stdin neuer subprocess in Python

beitreten Lets sagen, dass ich den folgenden Befehl von der Shell { samtools view -HS header.sam; # command1 samtools view input.bam 1:1-50000000; # command2 } | samtools view -bS - > output.bam

python subprocess samtools 2015-02-27

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