Wie SAMtool htslib Bibliothek verwenden optionale Informationen zu lesen Felder

Question

ich eine BAM-Datei:

ERR174327.487900  99  chr9 80320323  60  101M =  80320752  530  AGGGACATTGGTCCAAAAGGTTTTAATTAACCATACACCCTGCTCTACAAATCTAAAAAACTGTAGGACAGTATTTTGAGTCTCCAAGTATCCAGTGATAA CCCFFFFFHHHHFIJJJJJJGIJJJJJJJJJJJJJJJJIJIJJJJJIIJJJIJIJJJJJJJGICEHIHFHH=BFFADFFDCCCDCDDDCCCDADC@>ADC@ NM:i:0 AS:i:101  XS:i:0 RG:Z:group1 

ich die optionalen Felder NM:i:0 AS:i:101 XS:i:0 RG:Z:group1 in meinem C++ Code lesen müssen. Ich bin in der Lage, die Bibliothek htslib zu verwenden, um alles außer diesen optionalen Feldern zu lesen. Die Quelldatei für die htsib-Bibliothek lautet here auf Github. Leider kann ich keine Funktion finden, die diese Felder lesen kann.

F: Wie lese ich die optionalen Felder mit htslib?

Answer 1

in bam.h

/*! 
    @abstract  Retrieve data of a tag 
    @param b  pointer to an alignment struct 
    @param tag  two-character tag to be retrieved 

    @return pointer to the type and data. The first character is the 
    type that can be 'iIsScCdfAZH'. 
*/ 

static inline uint8_t *bam_aux_get_core(bam1_t *b, const char tag[2]);