bioinformatics

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Wie implementiert man einen Algorithmus zur Lösung dieser Hausaufgaben in O (n) Zeit von Suffix-Baum?

Ich habe eine Frage in Bioinformatik. Sie können es durch Suffix-Baumstruktur lösen. Mit einer gegebenen Zeichenkette S = S [1 ... n] und einer Zahl k wollen wir die kleinste Teilkette von S finden, d

algorithm data-structures bioinformatics string-matching suffix-array 2016-05-19

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Ausgabe von Parsing-Code ist nicht alle ähnlich. nicht sicher, synchron, wenn das Parsen NCBI Nukleotid xml

from Bio import Entrez accessions = ['NM_001195662','NM_001289467','NM_008866'] list1 = [] for i in accessions: Entrez.email = "[email protected]" handle = Entrez.efetch(db="nucleotide",

xml parsing bioinformatics biopython 2016-05-23

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gleiche Reihenfolge ähnlicher Spalte in zwei Datenrahmen

Ich habe zwei Datenrahmen - DF1 und DF2 DF1 RS1 R_Al1 B rs_12 A -0.1 rs_23 T 0.2 rs_34 C 0.3 DF2 RS2 RefAl2 B rs_12 C 0.5 rs_23 G -0.3 rs_23 T 0.2 rs_34 C -0.1 rs_2

r bioinformatics 2016-05-24

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Leere Regex-Treffer aus einem Array entfernen

Ich führe eine Regex-Suche durch und möchte nur die Treffer im Fasta-Format ausdrucken (zwei Zeilen Daten: der erste beginnt mit einer Karotte ">" gefolgt vom Treffer und der zweiten Zeile) ohne Karot

arrays regex perl bioinformatics fasta 2016-05-25

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R: Zählung der Anzahl der Einträge in einer Spalte mit Ausnahme der Blanks

Meine Daten wie folgt aussehen: CHROM Mutant_SNP_2 3RD T 4RD C 5RD 6RD G 7RD A 8RD Ich habe einen CSV-Datenrahmen. Ich möchte eine Zählung von Spalte "Mutant_SNP_2",

r dataframe bioinformatics 2016-05-27

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entfernen aus einer Spalte .x

Ich habe eine Tabelle mit ersten beiden Spalten, die wie folgt aussieht: Human_ortholog Representative_transcript FAM126A ENST00000409923.1 CYP3A5 ENST00000339843.2 LCMT1 ENST00000399069.3 S

r regex bioinformatics gsub 2016-06-01

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Importieren (Nicht-Bibliothek) .bam-Dateien in R

Ich habe eine .bam Datei, die ich in R importieren möchte. Später möchte ich mehrere (150 +) große Dateien in R importieren und sie verarbeiten können. Experimentelle Daten, die aus Bibliotheken impor

r bioinformatics 2016-06-02

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Wie kann ich ein Tree-Objekt von ete3 an DendroPy übergeben, ohne in Datei zu schreiben?

Ich benutze das ete3-Paket in Python, um phylogenetische Bäume aus Daten zu erstellen, die ich mit einem stochastischen Modell erstellt habe, und es funktioniert gut . Ich habe diese Bäume zuvor in da

python-3.x bioinformatics phylogeny dendropy ete3 2016-06-02

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Datensatztrennzeichen in einem Datensatztrennzeichen

Wie kann ich ein Datensatztrennzeichen verwenden und dann gleichzeitig ein Trennzeichen für untergeordnete Datensätze verwenden? Vielleicht ist das nicht der beste Weg, darüber nachzudenken, was ich z

perl hash record bioinformatics 2016-06-06

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Emboss Nachteile für viele Dateien Konsensus-Sequenz immer, nicht nur eine

ich installiert und Prägungs konfiguriert und kann die einfachen Befehlszeilenargumente für das Erhalten der Konsens von einer vorher ausgerichtet MultiFASTA-Datei ausführen: % Nachteile erstellen ein

perl bioinformatics fasta consensus emboss 2016-06-11

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