bioinformatics

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Pythonischer Weg, Strings zu "verschmelzen", alle möglichen Längen zu verarbeiten

Ich versuche ein relativ häufiges Problem in der Bioinformatik zu lösen, ohne auf eine Menge if-Anweisungen zurückgreifen zu müssen. Das Problem bei der Hand: Ich bin bei zwei überlappenden Streichern

python string bioinformatics 2016-07-01

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Grad der Überzeugung nach dem Beweis-Code, der die Go-Annotation

unterstützen Ich möchte ein gewisses Maß an Glauben, dass wie die Go annotation zu einem bestimmten Begriff unterstützt wird, die durch Beweis-Code dargestellt wird zugeordnet werden. Es gibt verschie

r bioinformatics bioconductor 2016-07-03

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Partial Digest Algorithm (PDP)

Ich versuche, das partielle Digest Problem zu implementieren, der Algorithmus ist in dieser pdf https://cise.ufl.edu/class/cap5515sp10/Ch04_DNA_mapping.pdf auf den Seiten 35-36 gegeben. Auf den folgen

python-2.7 bioinformatics rosalind 2016-07-07

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Wie erhält man den globalen Fisher-Score?

Ich möchte Fischer-Score der folgenden listenartigen Daten Elementweise erhalten. Ich entschuldige mich, diese statistische Frage von dieser Gemeinschaft zu stellen. Meine Daten enthalten jedoch eine

r list vector bioinformatics chi-squared 2016-07-10

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scikit-bio-extrakt genomische merkmale aus gff3-datei

Ist es in scikit-bio möglich, genomische merkmale zu extrahieren, die in einer gff3-formatierten datei aus einer genom fasta-datei gespeichert sind? Beispiel: genome.fasta >sequence1 ATGGAGAGAGAGAGAG

python python-3.x bioinformatics skbio 2016-07-11

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Vergleich zweier Datensätze zur Ermittlung der Korrelation

Beim Vergleich der beiden (Beispiel-) Datensätze unten versuche ich die Korrelation der Übereinstimmungen pro Spalte zu finden (wobei die NAs ignoriert werden). Ich weiß, dass ich das in einer verscha

r dataframe compare data.table bioinformatics 2016-07-12

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Nicht erkannte Option: I picard.jar

Ich versuche, eine BMA-Datei in FASTQ-Format zu konvertieren, mit Picard.jar. Das ist mein Befehl: java -jar /opt/picard-tools/picard.jar SamToFastq \ I=chr2chr3.bam \ FASTQ=chr2chr3.f1.fastq \ SECOND

bioinformatics fastq picard 2016-07-21

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Wie kann ich eine Liste von Genen aus einer Liste von RefSeq Zugangsnummern (Nm_ <num> und NR_ <num>)

Ich verwende Python 2.7 und versuche biopython oder pyensembl zu verwenden, um eine Liste von Genen aus einer Liste von RefSeq Zugangsnummern zu erhalten . Gibt es eine einfache Möglichkeit, dies zu t

python bioinformatics biopython 2016-07-21

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Zählvorkommen um eine genomische Region in einem Datenrahmen

Ich muss Mutationen im Genom zählen, die an bestimmten Stellen oder Bereichen auftreten. Die Mutationen haben eine genomische Position (Chromosomen- und Basenpaar, z.B. Chr1, 10658324). Der Bereich bz

r bioinformatics 2016-07-21

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Rennen in Faktor Problem mit R-Funktion

Ich habe einen data.frame namens gwas.data SNP A1 A2 EFF FRQ 2353 rs10001803 A G -0.06620391 0.06860 2307 rs10002573 T C -0.03969763 0.78100 504 rs10003143 A C 0.03829721 0.53170 1802 rs100102

r function dataframe bioinformatics 2016-07-22

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