skbio

1Hitze

1Antwort

Lesen von komprimierten FASTA bz2-Datei mit skbio

Ist es möglich, aus einer komprimierten Datei (z. B. FASTA bz2) zu lesen? Normalerweise verwende ich skbio.sequence.Sequence.read, sehe aber diese Option dort nicht. Danke!

skbio 2016-06-23

---

6Hitze

1Antwort

scikit-bio-extrakt genomische merkmale aus gff3-datei

Ist es in scikit-bio möglich, genomische merkmale zu extrahieren, die in einer gff3-formatierten datei aus einer genom fasta-datei gespeichert sind? Beispiel: genome.fasta >sequence1 ATGGAGAGAGAGAGAG

python python-3.x bioinformatics skbio 2016-07-11

---

2Hitze

1Antwort

Wie bekomme ich `skbio` PCoA (Hauptkoordinatenanalyse) Ergebnisse?

Ich bin auf die attributes von skbio'sPCoA Methode (unten aufgeführt). Ich bin neu in diesem API und ich möchte in der Lage sein, die eigenvectors und die ursprünglichen Punkte projiziert auf die neue

machine-learning linear-algebra scikits dimensionality-reduction skbio 2016-07-14

---

5Hitze

1Antwort

future.utils.six nicht gefunden beim Importieren von skbio Modulen

Ich habe gerade numpy und scikit-bio mit pip3 installiert. Wenn ich DNA-Sequenz in einer interaktiven Sitzung importieren erhalte ich eine Fehlermeldung: >>> from skbio.sequence import DNASequence Tr

skbio 2014-10-08

---