mein Skript: #!/bin/bash
#script to loop through directories to merge fastq files
sourcedir=/path/to/source
destdir=/path/to/dest
for f in $sourcedir/*
do
fbase=$(basename "$f")
echo "
Ich arbeite an einem Programm, das durch eine FASTQ Datei liest und gibt die Anzahl der N pro Sequenz in dieser Datei. Ich schaffte es, die Anzahl von N pro Zeile zu bekommen, und ich legte diese in e
Ich versuche, eine BMA-Datei in FASTQ-Format zu konvertieren, mit Picard.jar. Das ist mein Befehl: java -jar /opt/picard-tools/picard.jar SamToFastq \ I=chr2chr3.bam \ FASTQ=chr2chr3.f1.fastq \ SECOND