Verwenden von mRMRe für die Featureauswahl mit kategorischer Zielvariable

Question

Ich versuche, das mRMRe-Paket in R zu verwenden, um eine Feature-Auswahl für ein Genexpressions-Dataset durchzuführen.

Meine Zielvariable ist eine kategoriale Variable, d. H. Jedes Sample ist einer Klasse zugeordnet, die als Zielvariable verwendet wird.

jedoch durch das mRMRe Paket verwenden, erhalte ich die folgende Fehlermeldung, wenn ich versuche, die Daten zu laden:

data <- mRMR.data(data = data) 

Error in .local(.Object, ...): data columns must be either of numeric, ordered factor or Surv type 
Traceback: 

1. mRMR.data(data = data) 
2. new("mRMRe.Data", ...) 
3. initialize(value, ...) 
4. initialize(value, ...) 
5. .local(.Object, ...) 
6. stop("data columns must be either of numeric, ordered factor or Surv type") 

Die erste Spalte hat kategorisch Etiketten, beispielsweise "Class1", "Class2" usw. Wenn ich str(data) verwende, bekomme ich, dass die erste Spalte vom Factor Typ ist. Es kann jedoch nicht bestellt werden, weil es kategorisch ist.

Konnte es möglich sein, dass mRMRe kategorische Daten nicht verarbeiten kann?

Answer 1

aussehen sollte ich eine Antwort von den Entwicklern erhalten und:

Die Zielgröße kategorial sein kann nur, wenn bestellt. Im Fall von 2 Kategorien ist die Reihenfolge beliebig. Für mehr Kategorien, die nicht logisch geordnet sind (multikategorische Klassifikation), ist mRMRe nicht angepasst.

Also in diesem Fall kann ich es nicht verwenden, da meine Etiketten kategorisch sind.

Answer 2

Die Säule hat von ordered(data$variable1)str(data) umgewandelt in geordnete Faktor werden wie Ord.factor