gsub in Spalten Wert im Datenrahmen

Question

Ich habe eine Datei mit mehreren Spalten. Ich zeige zwei Spalten, in denen ich interessiert zwei Spalten am

Probe.Set.ID   Entrez.Gene 
A01157cds_s_at    50682 
A03913cds_s_at    29366 
A04674cds_s_at 24860 /// 100909612 
A07543cds_s_at    24867 
A09811cds_s_at    25662 
----       ---- 
A16585cds_s_at    25616 

ich ersetzen müssen /// mit "\ t" (tab) und dem Ausgang wie

A01157cds_s_at;50682 
A03913cds_s_at;29366 
A04674cds_s_at;24860  100909612 

Auch sein sollte, ich müssen diejenigen, die mit vermeiden „---“

Answer 1

Hier wird etwas anderen Ansatz dplyr:

data <- data.frame(Probe.Set.ID = c("A01157cds_s_at", 
           "A03913cds_s_at", 
           "A04674cds_s_at", 
           "A07543cds_s_at", 
           "A09811cds_s_at", 
           "----", 
           "A16585cds_s_at"), 
       Entrez.Gene = c("50682", 
           "29366", 
           "24860 /// 100909612", 
           "24867", 
           "25662", 
           "----", 
           "25616") 
) 

if(!require(dplyr)) install.packages("dplyr") 
library(dplyr) 

data %>% 
    filter(Entrez.Gene != "----") %>% 
    mutate(new_column = paste(Probe.Set.ID, 
         gsub("///", "\t", Entrez.Gene), 
         sep = ";" 
         ) 
    ) %>% select(new_column) 

Answer 2

Sieht aus wie Sie die Daten der Teilmenge, dann fügen Sie die beiden Säulen zusammen, dann verwenden gsub machen die ersetzen die ‚///‘ wollen. Hier ist, was ich gefunden habe, wobei dat der Datenrahmen ist, der die zwei Spalten enthält.

dat = dat[dat$Probe.Set.ID != "----",] # removes the rows with "---" 
dat = paste0(dat$Probe.Set.ID, ";", dat$Entrez.Gene) # pastes the columns together and adds the ";" 
dat = gsub("///","\t",dat) # replaces the "///" with a tab 

Verwenden Sie auch cat(), um die Registerkarte im Gegensatz zu "\ t" anzuzeigen. Ich habe das von hier: How to replace specific characters of a string with tab in R. Dies wird eine Liste im Gegensatz zu einem dat.frame ausgeben. Sie können mit data.frame() zurück konvertieren, aber Sie können cat() nicht zum Anzeigen verwenden.

Answer 3

Wir dplyr und tidyr hier nutzen können.

library(dplyr) 
library(tidyr) 

> df <- data.frame(
    col1 = c('A01157cds_s_at', 'A03913cds_s_at', 'A04674cds_s_at', 'A07543cds_s_at', '----'), 
    col2 = c('50682', '29366', '24860 /// 100909612', '24867', '----')) 


> df %>% filter(col1 != '----') %>% 
    separate(col2, c('col2_first', 'col2_second'), '///', remove = T) %>% 
    unite(col1_new, c(col1, col2_first), sep = ';', remove = T) 

> df 

##    col1_new col2_second 
## 1 A01157cds_s_at;50682  <NA> 
## 2 A03913cds_s_at;29366  <NA> 
## 3 A04674cds_s_at;24860 100909612 
## 4 A07543cds_s_at;24867  <NA> 

• filter entfernt die Beobachtungen mit col1 == '----'.
• separatecol2 in zwei Säulen aufteilt, nämlich col2_first und col2_second
• unite konkateniert col1 und col2_first mit ; als Separator.