Wie PBS Skript ketten?

Question

Ich versuche, dieses Bit PBS-Code auszuführen, wo ich Teil 2 nach Abschluss von Teil1 ausführen möchte, aber aus irgendeinem Grund führt Teil2 nach Abschluss Teil1 nicht ausführen. Wie kann ich das Teil 2 auf einmal ausführen lassen?

#!/bin/bash -l 
#PBS -N AOGC_Contest 
#PBS -l walltime=10:00:00 
#PBS -l mem=10gb 
#PBS -J 0-2 

cd /mypath 

##module load java ##AN commented out 
##module load gatk ##AN commented out 


SNP=/mypath/file.vcf 
TMPDIR=/mypath/Contest/data/test_tmpdir/ 
FASTA=/mypath/Contest/data/hg19.fasta 
CONTAMINATION=/mypath/Contest/data/test_contamination/ 
POPFILE=/mypath/Contest/data/hg19_CHR_FIXED.vcf 

BAMS=(/mypath//S05-F13-P01_C06A1ACXX-1-13.ReCal.sort.bam /mypath//S08-F10-P01_C06A1ACXX-2-13.ReCal.sort.bam /mypath//AOGC-02-0010_C0J43ACXX-4-13.ReCal.sort.bam) 

SAMPS=(S05-F13-P01 S08-F10-P01 AOGC-02-0010) 

BAM=${BAMS[$PBS_ARRAY_INDEX]} 
SAM=${SAMPS[$PBS_ARRAY_INDEX]} 

#BAM=${BAMS[1]} 
#SAM=${SAMPS[1]} 

echo "$SAM" 

Teil1

java -jar GenomeAnalysisTK.jar \ 
-T SelectVariants \ 
-U ALLOW_SEQ_DICT_INCOMPATIBILITY \ 
-R ${FASTA} \ 
-V $SNP \ 
-o ${TMPDIR}/${SAM}_${PBS_ARRAY_INDEX}.vcf \ 
-nt 4 \ 
--excludeNonVariants \ 
--removeUnusedAlternates \ 
--keepOriginalAC \ 
--keepOriginalDP \ 
-sn ${SAM} 

Teil2

java -jar GenomeAnalysisTK.jar \ 
-T ContEst \ 
-U ALLOW_SEQ_DICT_INCOMPATIBILITY \ 
-I ${BAM} \ 
-R ${FASTA} \ 
--popfile ${POPFILE} \ 
--genotypes:VCF4 ${TMPDIR}/${SAM}_$PBS_ARRAY_INDEX.vcf \ 
-o ${CONTAMINATION}/contamination_${SAM}_${PBS_ARRAY_INDEX}.txt 

Answer 1

Wie jedes Programm, ein Shell-Skript "nicht funktioniert", wenn es gibt einen Unterschied zwischen Absicht und Tat. In Ihrem Fall sieht es so aus, als würden die Variablen nicht so eingestellt, wie Sie es beabsichtigen.

$ SAMPS=(S05-F13-P01 S08-F10-P01 AOGC-02-0010) 
$ echo $SAMPS 
S05-F13-P01 

Wenn Sie SAMPS wollen die gesamte Zeichenfolge haben, einschließlich Leerzeichen, Zitat es:

$ SAMPS='S05-F13-P01 S08-F10-P01 AOGC-02-0010' 
$ echo $SAMPS 
S05-F13-P01 S08-F10-P01 AOGC-02-0010 

(Ich empfehle nicht darunter führende und nachfolgende Leerzeichen Es ist einfach genug, wenn Sie hinzufügen verwenden. die Variable.)

Als allgemeine Debugging-Technik zeigt Ihnen $ bash -x scriptname, wie Ihre Variablen erweitert werden. Sie können auch set -x und set +x in Ihrem Skript streuen, um es in Problembereichen ausführlicher zu machen.

HTH.