Wie das Argument korrekt an das folgende Python-Skript übergeben wird

Question

Ich bin neu in Python und möchte wirklich einige Dateien über das folgende Python-Skript ausführen.

https://github.com/ashutoshkpandey/Variants_call/blob/master/Filter_Pindel_del_vcf.py

Ich laufe auf Linux-Server und Python installiert ist. Ich habe das Skript in einem Verzeichnis mit den beiden erforderlichen Dateien (Del.vcf und Output_D) gespeichert. Hier ist, was ich in der Befehlszeile eingegeben habe, aber das Skript kann die Dateien aus irgendeinem Grund nicht finden.

$ python Filter_Pindel_del_vcf.py Del.vcf, Output_D, Outputfile 

Traceback (most recent call last): 
    File "Filter_Pindel_del_vcf.py", line 45, in <module> 
    for row in fileinput.input([Filepath]): 
    File "/usr/lib64/python2.7/fileinput.py", line 253, in next 
    line = self.readline() 
    File "/usr/lib64/python2.7/fileinput.py", line 345, in readline 
    self._file = open(self._filename, self._mode) 
IOError: [Errno 2] No such file or directory: 'Del.vcf,' 

Answer 1

Nur Komma entfernen:

python Filter_Pindel_del_vcf.py Del.vcf Output_D Outputfile 

Answer 2

Dieses Skript Positionsargumente verwendet. Verlieren Sie einfach die Kommata und Sie sollten in Ordnung sein:

$ python Filter_Pindel_del_vcf.py Del.vcf Output_D Outputfile