"Nicht-Null-Exit-Status" Fehler beim Herunterladen von XML und RCurl R Pakete

Question

Ich habe dieses Problem:

> install.packages("RCurl") 
Installing package(s) into ‘/home/username/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/2.13’ 
(as ‘lib’ is unspecified) 
trying URL 'http://lib.stat.cmu.edu/R/CRAN/src/contrib/RCurl_1.95-3.tar.gz' 
Content type 'application/x-gzip' length 868491 bytes (848 Kb) 
opened URL 
================================================== 
downloaded 848 Kb 

* installing *source* package ‘RCurl’ ... 
checking for curl-config... no 
Cannot find curl-config 
ERROR: configuration failed for package ‘RCurl’ 
* removing ‘/home/username/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/2.13/RCurl’ 
Warning in install.packages : 
    installation of package 'RCurl' had non-zero exit status 

The downloaded packages are in 
    ‘/tmp/RtmpKyAgF8/downloaded_packages’ 

UND:

> install.packages("XML") 
Installing package(s) into ‘/home/username/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/2.13’ 
(as ‘lib’ is unspecified) 
trying URL 'http://lib.stat.cmu.edu/R/CRAN/src/contrib/XML_3.95-0.1.tar.gz' 
Content type 'application/x-gzip' length 1724282 bytes (1.6 Mb) 
opened URL 
================================================== 
downloaded 1.6 Mb 

* installing *source* package ‘XML’ ... 
checking for gcc... gcc 
checking for C compiler default output file name... a.out 
checking whether the C compiler works... yes 
checking whether we are cross compiling... no 
checking for suffix of executables... 
checking for suffix of object files... o 
checking whether we are using the GNU C compiler... yes 
checking whether gcc accepts -g... yes 
checking for gcc option to accept ISO C89... none needed 
checking how to run the C preprocessor... gcc -E 
No ability to remove finalizers on externalptr objects in this verison of R 
checking for sed... /bin/sed 
checking for pkg-config... /usr/bin/pkg-config 
checking for xml2-config... no 
Cannot find xml2-config 
ERROR: configuration failed for package ‘XML’ 
* removing ‘/home/username/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/2.13/XML’ 
Warning in install.packages : 
    installation of package 'XML' had non-zero exit status 

The downloaded packages are in 
    ‘/tmp/RtmpKyAgF8/downloaded_packages’ 

Answer 1

Sie müssen die Version übereinstimmen von RCurl und XML zu der Version von R, die Sie verwenden. Da Ihre Version von R mehr eine Hauptversion hinter der aktuellen Version ist, gibt es keinen Grund zu der Annahme, dass die aktuelle Version von XML und Rcurl übereinstimmen wird. Sie können versuchen, von einer archivierten Version von ihnen zu installieren. Ich würde einen vor etwa anderthalb Jahren auswählen ... oder einfach deine R-Installation aktualisieren.

Es könnte einen Kernel von nützlichen Informationen in diesem Link von @TylerRinker geben, obwohl es für die falsche Version des falschen Betriebssystems ist. Wenn Sie die URL trimmen und stattdessen nachsehen: http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin/bin/windows/contrib/2.13/ können Sie herausfinden, welche Version der Quellpakete für Ihre veraltete Version von R auf redhat verwendet werden soll.

Answer 2

Ich hatte ein ähnliches Problem bei der Installation von RCurl. Das Paket, das hatte, was ich brauchte, hieß libcurl-devel auf Amazon Linux und, nach this post that answered my question, auch CentOS. Es kann mit dem Befehl sudo yum install libcurl-devel installiert werden. Wenn Sie sich auf einer Debian-basierten Distribution befinden, hat das Paket möglicherweise einen anderen Namen und wird mit apt installiert.

Es gibt wahrscheinlich eine ähnliche Lösung für Ihr XML-Lib-Problem.

Answer 3

Laufen über CentOS 6.4, hatte ich folge nur erfolgreich die Schritte:

1. Installieren curl-devel und libxml mit der Linux-Befehlszeile:

$ sudo yum install curl curl-devel 
$ sudo yum -y install libxml2 libxml2-devel 

2. auf R-Konsole, die R-Sitzung neu starten und die RCurl und XML-Paket installieren:

>> install.packages("RCurl") 
>> install.packages("XML") 

3. laden die Bibliotheken:

>> library(RCurl) 
>> library(XML) 

Hope this Sie einen Tag retten!