Wie man einen genetischen Entfernungsbereich auswählt, um eine MST mit Vengan-Bibliothek zu plotten

Question

Ich habe versucht, eine genetische Distanzanalyse mit Affen und Veganer durchzuführen. Als erstes habe ich genetische Distanzen mit Affen berechnet:

data<-read.dna(file = "proof.txt", format = 'fasta') 
D <- dist.dna(data, model ='TN93', as.matrix ='TRUE') 

dieser Code gibt mir eine große Matrix mit d = 0 in vielen Fällen. Dann führe ich die mst wie folgt:

mst <-spantree(distances, toolong = 0.015) 

I toolong wählte die max parwise Abstände wählen = 0,015

Aber wenn ich versucht habe, es zu planen, diese Fehler apeared:

Fehler in FUN 8d, y): Null oder negative Abstände zwischen den Objekten 1 und 2

Kann jemand die Entfernungen größer als wählen " 0 "und> = als 0.015?

Answer 1

Geben Sie eine Konfiguration an, in der der Spanning-Tree dargestellt wird.

Die Fehlermeldung kommt von der Funktion MASS::sammon(), die verwendet wird, um eine Konfiguration von Punkten zu finden, wenn keine angegeben ist, und diese Funktion keine Nullabstände akzeptiert. Zum Beispiel sollte folgendes funktionieren:

plot(mst, ord = cmdscale(as.dist(dist.dna)))