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Freiheitsgrade bei der Vektoranpassung mit envfit (vegan)

Ich verwendete das envfit() im veganen Paket, um die Umweltgradienten zu bestimmen, die die 2 NMDS-Achsen steuern. Ich hatte 2 kategorische Umweltfaktoren und 4 kontinuierliche Variablen (Vektoren). M

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r2 Ergebnisse von envfit in veganer Verpackung

Was bedeutet der r2 in den envfit Ergebnissen? Ich verstehe, dass die Werte in Bezug auf die Achsen (PCA, NMDS usw.) sind die Korrelationskoeffizienten und der pvalue ist der Test der Signifikanz. Abe

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Angeben und Zeichnen von PCA-Site-Symbolen nach Zone

Ich erstelle eine PCA in dem folgenden Beispiel, ich weiß, um das Diagramm zu variieren das Symbol nach einer anderen Variablen (ich habe gerade eine Reihe von Zonen von 1 verwendet zu 5 zum Beispiel)

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Berechnen der relativen Häufigkeit nach Zeilenbezeichnungen in R? (Vegan-Paket?)

Ich versuche relative Häufigkeiten basierend auf Zeilenbeschriftungen oder Namen zu berechnen (relative Häufigkeit für jeden Test in df$path1 erhalten. So möchte ich die relative Häufigkeit der Zählun

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Wie man einen genetischen Entfernungsbereich auswählt, um eine MST mit Vengan-Bibliothek zu plotten

Ich habe versucht, eine genetische Distanzanalyse mit Affen und Veganer durchzuführen. Als erstes habe ich genetische Distanzen mit Affen berechnet: data<-read.dna(file = "proof.txt", format = 'fasta'

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Eingeschränkte Permutation (permutieren) scheitert mit shuffleSet und läuft mit shuffle

Ich mache PRC mit dem vegan-Paket, aber in Schwierigkeiten geraten, wenn ich versuche, eine Anova auf die Ergebnisse durchzuführen. Ich erhalte die folgende Fehlermeldung: Error in doShuffleSet(spln[[

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Fehler bei der R betadisper Funktion

Die ‚betadisper‘ Funtion in vegan mit [R] berechnet die multivariate Dispersion einer Gruppe von Seiten anhand ihrer Entfernungen I eine Distanzmatrix mit mehreren Gruppen von Seiten haben: dis <- veg

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R: Hinzufügen Biplot Pfeile CCA Grundstück

Beginnend mit dem folgenden Code: library(vegan) data(dune) data(dune.env) Ordination.model1 <- cca(dune ~ Management,dune.env) plot1 <- plot(Ordination.model1, choices=c(1,2), scaling=1) ich ei

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Warum fehlen mir 2 Vektoren der Umweltvariablen aus dem CCA-Plot in R (veganes Paket)?

Meine Eingabedatei ist mit einer Proben-ID als Zeilenname organisiert und jede Spalte stellt eine bestimmte operative taxonomische Einheit dar, wobei die Daten eine Zahl für die absolute Häufigkeit di

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Modifizierte Gower Abstand in R

I ein gemischten Daten (kategorischen und kontinuierlich), und ich mag das modifizierte Gower-Koeffizienten unter Verwendung des vegandist Befehls library(vegan) vegdist(mydata, "altGower") jedoch