R: Hinzufügen Biplot Pfeile CCA Grundstück

Question

Beginnend mit dem folgenden Code:

library(vegan) 
data(dune) 
data(dune.env) 
Ordination.model1 <- cca(dune ~ Management,dune.env) 
plot1 <- plot(Ordination.model1, choices=c(1,2), scaling=1) 

ich ein Grundstück mit Standorten, Spezies, Zentroide und Biplot Pfeile. Ich möchte ein Diagramm erstellen, das nur die Punkte enthält, die durch Punkte dargestellt werden, und die Pfeile mit benutzerdefinierten Beschriftungen. Bisher habe ich:

colvec <- c("red", "green", "blue") 
plot(Ordination.model1, type="n", scaling=1) 
with(dune.env, points(Ordination.model1, display ="sites", col=colvec[Use], scaling=1, pch =16, bg = colvec[Use])) 

Ich bin so weit fest, wie wie die Pfeile setzen in Vielen Dank im Voraus.!

Answer 1

Sie können Pfeile mit Text hinzufügen. Ich konnte Ihren Code nicht verwenden, da ich immer Fehler erhalte. Hier ist jedoch ein einfaches Beispiel, das genau das tut, was Sie wollen. Ich nahm es von R Help: CCA Plot Sobald Sie Text hinzufügen, sollten die Pfeile zeigen.

require(vegan) 
data(varespec) 
data(varechem) 

vare.cca <- cca(varespec ~ ., data = varechem) 
plot(vare.cca, display = c("sites","species"), scaling = 3) 
text(vare.cca, scaling = 3, display = "bp") 

Hier ist ein Beispiel mit dem Argument Labels:

## S3 method for class 'cca': 
text((x, display = "sites", labels, choices = c(1, 2), 
scaling = "species", arrow.mul, head.arrow = 0.05, select, const, 
axis.bp = TRUE, correlation = FALSE, hill = FALSE, ...)) 

Labels: Plot or Extract Results of Constrained Correspondence Analysis or Redundancy Analysis

Answer 2

konnte ich die Pfeile umbenennen: Optional Text anstelle von Zeilennamen verwendet werden: Unten ist der vollständige Code.

library(vegan) 
data(dune) 
data(dune.env) 
Ordination.model1 <- cca(dune ~ Management,dune.env) 
summary(Ordination.model1) # Lets you see the current biplot labels in the output. 
colvec <- c("red", "green", "blue", "orange") 
plot(Ordination.model1, type="n", scaling=1) 
with(dune.env, points(Ordination.model1, display ="sites", col=colvec[Management],scaling=1, pch =16, bg = colvec[Management])) 
labl <- c("HF", "NM", "SF") # new labels. Need to be in the same order as the old biplot labels. 
text(Ordination.model1, display="bp", scaling=1, labels=labl)