For-Schleife für verschiedene Datensätze und Bedingungen für EEGLAB

Question

Ich muss einige EEG-Daten analysieren und ich versuche, die Vorverarbeitungsprozedur zu automatisieren.

Ich habe 40 Teilnehmer. Jeder Teilnehmer hat 4 verschiedene Dateien für 4 Bedingungen.

So werden die Dateien gespeichert als

1-1 
1-2 
1-3 
1-4 
2-1 
2-2 
2-3 
2-4 
... 

bis zu 40-4

Die Dateien sind von BioSemi (.bdf)

Ich habe die Vorbearbeitung Verfahren automatisieren konnte , aber jedes Mal, wenn ich eine andere Datei auswählen muss, führe das Skript aus und speichere es.

Ich möchte eine for-Schleife ausführen, die alles selbst erledigt (1-1 nehmen, die Vorverarbeitung ausführen, speichern, 1-2 ... usw. nehmen).

Im Anschluss gebe ich an, was ich bis jetzt habe.

Ich habe den ganzen Tag versucht, eine for-Schleife zu schreiben, aber es funktioniert einfach nicht.

Ich würde wirklich jede Hilfe zu schätzen wissen.

Dies ist das aktuelle Pre-Processing-Skript:

---

subject = '1-1.bdf' 

%Open EEGLAB and inizialize several EEGLAB variables (listed in the output 
%function 
[ALLEEG EEG CURRENTSET ALLCOM] = eeglab; 

%Load a file 
%EEG=pop_loadset; % pop up window to input arguments 

EEG = pop_biosig(subject) %Reads in the dataset frin a BIOSEMI file 

% Stores the dataset into EEGLAB 
[ALLEEG EEG CURRENTSET ] = eeg_store(ALLEEG, EEG); 

%Change sampling rate to 512 
EEG = eeg_checkset(EEG);  
EEG = pop_resample(EEG, 512);  
[ALLEEG EEG CURRENTSET] = pop_newset(ALLEEG, EEG, CURRENTSET); %save it as a new dataset 

% Edit Channel Location 
EEG = eeg_checkset(EEG); 
EEG=pop_chanedit(EEG, 'lookup','D:\\Matlab\\eeglab_current\\eeglab13_5_4b\\plugins\\dipfit2.3\\standard_BESA\\standard-10-5-cap385.elp'); 
% Store the dataset into EEGLAB 
[ALLEEG EEG CURRENTSET] = pop_newset(ALLEEG, EEG, 2,'overwrite','on','gui','off'); 

% Add some comments 
EEG.comments = pop_comments(EEG.comments,'','Sampling rate was changed to 512.',1); 
% You can see the comments stored with the dataset either by typing >> EEG.comments or selecting the menu option Edit->About this dataset. 

%Select Data. Remove EXG5:EXG8 
EEG = eeg_checkset(EEG); 
EEG = pop_select(EEG,'nochannel',{'EXG5' 'EXG6' 'EXG7' 'EXG8'}); 
[ALLEEG EEG CURRENTSET] = pop_newset(ALLEEG, EEG, 2,'overwrite','on','gui','off'); 


%HighPassFilter 0.5 
EEG = eeg_checkset(EEG); 
EEG = pop_eegfilt(EEG, 0.5, 0, [], [0], 0, 0, 'fir1', 0); 
[ALLEEG EEG CURRENTSET] = pop_newset(ALLEEG, EEG, 2,'overwrite','on','gui','off'); 

%LowPassFilter 50 
EEG = eeg_checkset(EEG); 
EEG = pop_eegfilt(EEG, 0, 50, [], [0], 0, 0, 'fir1', 0); 
[ALLEEG EEG CURRENTSET] = pop_newset(ALLEEG, EEG, 2,'overwrite','on','gui','off'); 


%ReReference to 35 36 (EXG3. EXG4) 
EEG = eeg_checkset(EEG); 
EEG = pop_reref(EEG, [35 36]); 
[ALLEEG EEG CURRENTSET] = pop_newset(ALLEEG, EEG, 2,'overwrite','on','gui','off'); 

% Reject Continuous By Eye 
EEG = eeg_checkset(EEG); 
pop_eegplot(EEG, 1, 0, 1); 

eeglab redraw % Update the EEGLAB window to view changes 

%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%% 

%Automatic Channel Rejection 
EEG = eeg_checkset(EEG); 
EEG = pop_rejchan(EEG, 'elec',[1:34] ,'threshold',5,'norm','on','measure','prob'); 
[ALLEEG EEG CURRENTSET] = pop_newset(ALLEEG, EEG, 2,'overwrite','on','gui','off'); 

eeglab redraw % Update the EEGLAB window to view changes 

Answer 1

Hier ist, wie Sie die Dateinamen in einer Schleife zugreifen können, so dass Sie Ihren MATLAB-Skript ausgeführt werden können. Am einfachsten ist es, wenn Sie Ihre .bdf-Dateien in einen Ordner legen. Dann schreiben Sie eine Funktion, die die Funktionalität hüllt Sie wollen, wie folgt aus:

function run_script_with_loop(pathname) 

file_struct_list = dir([pathname filesep() '*.bdf']); %% get list of .bdf files in the pathname specified 

filename_list = {file_struct_list.name}; %% extract the filenames into a cellarray 
for subject = filename_list %% this iterates over the elements of the cell array, one-by-one, setting the `filename` variable like a loop variable 
    [ALLEEG EEG CURRENTSET ALLCOM] = eeglab; 
    full_pathname = [pathname filesep() subject{1}]; 
    EEG = pop_biosig(full_pathname); %% perform your processing 
    ... 
end 

Einige Kommentare:

• Ich versuche Plattform zu sein Agnostiker mit der Verwendung von filesep() so dies funktionieren sollte auf Linux/Mac/Windows. Wenn Sie den Code im selben Verzeichnis wie die Datendateien ausführen, können Sie sicherlich vereinfachen diese

• Stellen Sie sicher, geschweiften Klammern {} verwenden, wenn subject dereferencing. Wenn Sie den Standard Matlab Array-Referenz mit subject(1) verwenden, dann erhalten Sie einen Zelle-Array die Dateinamen Zeichenfolge enthält, anstatt nur die Ebene Dateinamen Zeichenfolge

• Der dir() Befehl in MATLAB funktioniert genauso wie dir in Fenstern oder ls in Linux, und Sie Platzhalter verwenden, können angepasst Listen von Dateien zu erhalten, wie dir('1-*.bdf') nur eine Liste der betroffenen Person 1 der Dateien, die Sie