Zeichne Zellgrenzen mit heatmap.2

Question

Ich versuche, eine Heatmap mit heatmap.2 zu machen, aber ich bekomme keine Zellgrenze. Wenn ich den Parameter sepwidth und sepcolor nicht funktioniert, muss ich die colsep und rowsep Parameter einfügen, aber immer noch das, einige Zellgrenzen sind nicht gezeichnet, irgendwelche Ideen?

heatmap.2(as.matrix(df), key=F, trace="none", ColSideColors=colorside, 
         cexRow=0.6, breaks=bk1, col=colors2, 
         lmat=rbind(c(0,0), c(0,4), c(0,1), c(3,2), c(0,0)), 
         lhei=c(0.4,0.3,0.05,0.4,0.6), 
         sepwidth=c(0.01, 0.01), sepcolor="black", 
         colsep=1:length(df), rowsep=1:length(df)) 

Answer 1

Es scheint, Ihr Problem mit den colsep und rowsep Argumente ist. Von der Hilfe-Datei:

colsep, rowsep, sepcolor (optional) Vektor von ganzen Zahlen angibt die Spalten oder Zeilen sollten sich von den vorhergehenden Spalten oder Reihen durch einen engen Raum der Farbe sepcolor

Statt "getrennt werden Geben Sie an, welche Spalten oder Zeilen getrennt werden sollen ", Ihr Code erstellt einen Vektor so lang wie die Anzahl der Elemente in der Matrix. Wenn Sie colsep=c(1,3) eingestellt hätten, wären der Separator zwischen der 1. und 2. Spalte und der Separator zwischen der 3. und 4. Spalte eingefärbt worden. Ich glaube nicht, dass es eine Möglichkeit gibt, die Zellgrenzen zu färben, ohne die Argumente colsep und rowsep zu verwenden. Die Zellenrahmen werden standardmäßig nicht gezeichnet, es sei denn, diese Argumente erhalten Werte.

# First, a reproducible data set 
library(gplots) 
mat = matrix(rnorm(100), ncol=5) 
colorside = gray(1:5/5) 
bk1 = seq(min(mat),max(mat),length.out=11) 
col = redgreen(10) 

# And now the heatmap 
heatmap.2(mat, 
      key=FALSE, 
      trace="none", 
      ColSideColors=colorside, 
      cexRow=0.6, 
      breaks=bk1, 
      col=col, 
      sepwidth=c(0.1,0.1), 
      sepcolor="purple", 
      colsep=1:ncol(mat), 
      rowsep=1:nrow(mat)) 

Answer 2

gesetzt heatmap.2 (as.matrix (df), key = F, trace = "beide" ...