Ich habe eine lange laufen Drehmoment/PBS-Job und ich möchte die Ausgabe überwachen. Die Protokolldatei wird jedoch erst kopiert, nachdem der Job beendet wurde. Gibt es eine Möglichkeit, PBS davon zu überzeugen, es zu aktualisieren?PBS, aktualisieren stdout
Leider AFAIK, das ist mit PBS/Torque nicht möglich - die Stdout/Stderr-Streams werden lokal auf dem Ausführungshost gespoolt und dann nach Abschluss des Jobs an den Submit-Host übertragen. Sie können die Standardausgabe des Programms in eine Datei umleiten, wenn Sie sie während der Ausführung überwachen möchten (dies ist nur sinnvoll, wenn sich die Ausführung und die sumit-Hosts ein gemeinsames Dateisystem teilen).
Ich vermute, das Grundprinzip ist, dass es Jobs auf Knoten ausführen kann, die ihr Dateisystem nicht mit dem Submit-Knoten teilen.
Dies ist in DREHMOMENT möglich. Wenn Sie ein gemeinsames Dateisystem haben, können Sie
$ spool_as_final_name wahr
in der Mutter-Konfigurationsdatei festgelegt. Dadurch wird die Datei direkt in das endgültige Ausgabeziel geschrieben, anstatt im Spool-Verzeichnis zu spoolen. Sobald Sie damit fertig sind, können Sie die Ausgabedatei zusammenfügen und alles überwachen, was Sie wollen.
http://www.adaptivecomputing.com/resources/docs/torque/3-0-3/a.cmomconfig.php (Suche nach spool_as_final_name
Für mich ssh-ing an den Knoten, auf dem der Auftrag ausgeführt wird und bei Dateien unter /var/spool/torque/spool/ Werken suchen, aber es könnte auf diese besondere Umgebung spezifisch sein.
ich gefunden ein '-k'-Flag, das ist nicht sehr schön - also habe ich am Ende Capture stdout außerhalb der Warteschlange.:/ – Anycorn
Da lange Zeit SGE-Benutzer gewohnt, in der Lage, die Ausgabedateien sofort zu sehen, fühle ich Ihre Schmerzen Ein Zufall, ich habe heute Nachmittag einen halben Tag lang nach einer Alternative zu LSFs "bpeek" -Befehl auf einem MOAB/Torque-System gesucht und frustrierend keine gefunden. –