Print Sequenzabgleich Datei

Question

ich einen einfachen paarweise DNA-Sequenzabgleich mit pairwiseAlignment vom Biostrings Paket in Bioconductor:

library('Biostrings') 
seq1 = 'ATGCTA' 
seq2 = 'ATGTA' 
pairwiseAlignment(pattern = seq1, subject = seq2) 

Die Ausgabe sieht wie folgt aus:

Global PairwiseAlignedFixedSubject (1 of 1) 
pattern: [1] ATGCTA 
subject: [1] ATG-TA 
score: -4.091219 

Für sehr lange Sequenzen, die Ausgabe ist abgeschnitten und nur eine Zeile wird angezeigt:

Global PairwiseAlignedFixedSubject (1 of 1) 
pattern: [1] AT-------------------------------------------------...----------------TGTCTTCCAKATCTGGCGCGCCTGGGTTGATATC 
subject: [1] ATTGGCGGCCGCGCCACCATGCCAGAGCCAGCGAAGTCTGCTCCCGCCCCG...GAAGGCTGTATGCTGTTGTCTTCAAGATCTGGTACCGCTGGGTTGATATC 
score: -29418.8 

Wie kann ich ausgeben vollständige Ausrichtung auf eine Textdatei?

Answer 1

Hier ist ein Link zur Diskussion über die Bioconductor-Mailingliste. Bisher gibt es keine einfache Möglichkeit, die Ausrichtung formatiert zu drucken, aber vielleicht ist es die Implementierung wert.

https://stat.ethz.ch/pipermail/bioconductor/2012-April/044904.html

Answer 2

Ich denke, dass die R-Funktion printPairwiseAlignment() von Biostrings Paket ist dies die Art und Weise zu tun, ich denke, Sie suchen.