bioconductor

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Unterschiede in Heatmap/Clustering Standard in R (Heatplot gegen Heatmap.2)?

Ich vergleiche zwei Möglichkeiten zum Erstellen von Heatmaps mit Dendrogramme in R, eins mit made4heatplot und eins mit gplots von heatmap.2. Die entsprechenden Ergebnisse hängen von der Analyse ab, a

r cluster-analysis heatmap hierarchical-clustering bioconductor 2013-07-29

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CRAN-Paket hängt vom Bioconductor-Paket ab Installationsfehler

Ich verwalte die Depends, schlägt vor und importiere die Beschreibungsdatei. und schließlich sende ich mein Paket an CRAN. Aber während der Installation des Pakets, installieren Sie nur die Pakete, di

r cran bioconductor 2013-01-15

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Extrahieren von Werten aus IRanges-Objekten in R/Bioconductor

Ich habe eine UCSC-Alignability-Spur importiert in R mit import.bw() (aus dem Rtracklayer-Paket), habe aber Probleme beim Zugriff auf die Werte, die ich brauche. Zum Beispiel: Ich möchte ein Chromosom

r bioconductor 2012-03-28

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Umstellungsfaktor zur Erleichterung der Verwendung als verschachtelter Faktor in DESeq2-Modell in R

Ich bin ein GLM mit dem DESeq2-Paket anpassen, und haben die Situation, wo Individuen (RatIDs) innerhalb der Behandlung verschachtelt sind (Diät). Der Autor des Pakets schlägt vor, dass die Individuen

r data.table bioconductor 2015-07-10

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Wie kann ich Ensembl ID zu Gensymbol in R konvertieren?

Ich habe ein data.frame mit Ensembl IDs in einer Spalte; Ich würde gerne die entsprechenden Gensymbole für die Werte dieser Spalte finden und sie zu einer neuen Spalte in meinem Datenrahmen hinzufügen

r dataframe bioinformatics bioconductor 2015-02-16

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Karte SNP IDs zu Genom-Koordinaten

Ich habe mehrere SNP IDs (d. H., Rs16828074, rs17232800, etc ...), Ich möchte ihre Koordinaten in einem Hg19-Genom von UCSC genome website. Ich würde lieber R verwenden, um dieses Ziel zu erreichen. W

r bioinformatics bioconductor genetics genome 2013-11-27

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Wie eine Beziehung zwischen physischen Karte und Kopplungskarte eines sequenzierten Daten darzustellen OmicCircos oder einem anderen ähnlichen

verwenden Wir wollen ein Diagramm tun, um die syntenische Verbindungen zwischen einer Kopplungskarte und physikalische Karte zu zeigen, sichtbar gemacht mit Circos source("http://bioconductor.org/bioc

r graph linkage bioconductor 2016-03-24

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Print Sequenzabgleich Datei

ich einen einfachen paarweise DNA-Sequenzabgleich mit pairwiseAlignment vom Biostrings Paket in Bioconductor: library('Biostrings') seq1 = 'ATGCTA' seq2 = 'ATGTA' pairwiseAlignment(pattern = seq1,

r alignment sequence bioconductor sequence-alignment 2012-04-13

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GenomicFeatures Paketinstallation Problem

Es tut uns leid, so schnell zurück mit einer einfachen Installationsfrage zu sein, aber meine Unfähigkeit, es selbst zu lösen, beeinträchtigt ernsthaft meine Produktivität. Wie auch immer, ich habe ve

r bioconductor 2012-06-10

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Zeige alle Linien in GenomicRange Paket Ausgabe

Ich arbeite mit GenomicRange R-Paket. Ich habe eine Eingabedatei, wie folgt aus: dvex108056 + 87 206 dvex108056 + 87 226 dvex108056 - 101 240 dvex108056 - 104 240 dvex108056 - 59 188 dvex108056 -

r dataframe coordinates overlapping bioconductor 2013-06-05

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